B2A018009

Mohammad Nurhafid

Program Studi

Progres Studi Akhir
Progres Studi Akhir
S2 ‧ Ujian Tesis
Tanggal Pelaksanaan/Penetapan
Tempat Pelaksanaan
Online
Judul Skripsi/Tesis/Disertasi

UJI AKTIVITAS DAN ANALISIS MOLEKULER BERDASARKAN MARKA 16S rDNA BAKTERI PROTEOLITIK YANG DIISOLASI DARI SALURAN PENCERNAAN IKAN NILA (Oreochromis niloticus)

Abstrak

Ikan nila (Oreochromis niloticus) merupakan salah satu ikan air tawar yang memiliki ekonomis dan mudah dibudidayakan karena memiliki toleransi luas terhadap kondisi lingkungan. Bakteri proteolitik merupakan bakteri penghasil enzim protease yang dapat membantu proses pemecahan protein pakan. Pakan merupakan salah satu faktor yang mempengaruhi keberadaan dan aktivitas bakteri proteolitik saluran pencernaan. Bakteri proteolitik didapat dengan proses skrining menggunakan media pertumbuhan diperkaya dengan kasein yang akan menunjukan zona bening disekitar koloni. Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) merupakan teknik turunan PCR yang dapat digunakan untuk melihat keragaman bakteri saluran pencernaan. Keragaman bakteri dapat dilihat menggunakan analisis Amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) dari pola pemotongan DNA oleh enzim retriksi. Marka 16S rDNA merupakan penanda daerah ribosomal yang diketahui memiliki urutan basa konservatif dan variatif yang dapat digunakan untuk identifikasi bakteri. Penelitian ini bertujuan mengkaji keberadaan, aktivitas dan analisis molekuler bakteri proteolitik yang diisolasi dari saluran pencernaan ikan nila. 

Metode yang digunakan dalam penelitian yaitu survei dengan teknik observasi eksploratif dimana ikan diambil dari lokasi budidaya yang menggunakan jenis pakan berbeda. Prosedur penelitian yaitu isolasi bakteri saluran pencernaan, perhitungan jumlah bakteri, skrining bakteri proteolitik, uji aktivitas bakteri proteolitik, ekstraksi DNA bakteri, analisis restriksi 16S rDNA bakteri (amplifikasi PCR, pemotongan DNA menggunakan enzim restriksi, pengelompokan bakteri), analisis sekuen 16S rDNA bakteri (sekuensing, analisis BLAST dan kontruksi pohon filogenetik) dan analisis data.

Hasil menunjukkan jumlah total bakteri saluran pencernaan bervariasi. Jumlah bakteri tertinggi ditemukan pada bagian posterior yaitu 6,3x105 CFU/g diikuti bagian middle dan anterior yaitu 4,6x105 CFU/g dan 2,4x105 CFU/g. Jumlah bakteri di saluran pencernaan ikan yang diberi pakan pelet dan kombinasi pelet dan tumbuhan lebih tinggi dibandingkan yang diberi pakan tumbuhan. Proporsi bakteri proteolitik menunjukan perbedaan antar bagian pencernaan dan pemberian jenis pakan. Nilai rata-rata proporsi bakteri proteolitik bagian anterior menunjukan keberadaan tertinggi yaitu 70%, diikuti bagian middle dan posterior yaitu 21% dan 9%. Aktivitas bakteri proteolitik dari ikan yang diberi pakan pelet lebih tinggi dibandingkan dari ikan yang diberi pakan tumbuhan dan kombinasi. Hasil analisis restriksi 16S rDNA bakteri menghasilkan 15 kelompok bakteri berbeda. Berdasarkan hasil analisis BLAST dan analisis filogenetik, sampel bakteri dari 15 kelompok tersebut teridentifikasi sebagai 11 spesies yang berbeda yaitu Pseudomonas aeruginosaPlesiomonas shigelloides, Escherichia coli, Aeromonas veronii, Klebsiella variicolaEnterobacter ludwigii, Enterobacter hormaechei, Enterobacter cloacae, Bacillus subtilis, Bacillus amyloliquefaciens dan Bacillus sp. 

Kata Kunci
bakteri proteolitik, 16S rDNA, Oreochromis niloticus
Pembimbing/Promotor
Penelaah/Penilai