Fakultas Biologi

Change Font Size

Change Screen

Change Layouts

Change Menu Styles

Cpanel

ANA YULIA | B1J013105

Pendadaran
Kandidat Sarjana ANA YULIA | B1J013105
Waktu Mulai 27 April 2017 - 11:00am
Waktu Selesai 27 April 2017 - 12:30pm
Lokasi Ruang Seminar Timur / II
Penelaah I Dra. P Maria Hendrati, M.Si.
Penelaah II Dra. Erie Kolya Nasution, M.Si.
Penelaah III
Penelaah IV
Penelaah V
Judul Skripsi

Profil Rapd Beberapa Isolat Ganoderma Spp. Di Kabupaten Banyumas

Sinopsis Skripsi

Ganoderma spp. merupakan jamur terbawa tanah yang dapat merugikan dan juga menguntungkan bagi manusia.Penyebaran jamur ini sangat luas, termasukdi Kabupaten Banyumas, Jawa Tengah.Hasil penelitian terdahulu menunjukkan bahwa terdapat 43 isolat yang ditemukan di wilayah ini dengan sebaran dari dataran rendah hingga sedang.

Karakterisasi secara morfologi perlu didukung dengan kajian molekuler untuk mendapatkan data identifikasi, klasifikasi, dan kekerabatan yang lebih akurat. Salah satu marka yang dapat digunakan dalam kajian molekuler adalah Random Amplified Polymorphic DNA(RAPD). Tujuan penelitian ini adalah untuk(1) mengetahui profil RAPD beberapa isolat Ganoderma spp. di Kabupaten Banyumasdan (2) mengetahui hubungan kekerabatangenetik beberapa isolat Ganoderma spp. di Kabupaten Banyumas berdasarkan marka RAPD.

Metode yang digunakan adalah surveidengan teknik pengambilan sampel secara acak (random sampling).Sampel Ganoderma spp. yang diperoleh diidentifikasi karakter makromorfologi dan mikromorfologinya,sertadipelajari keanekaragaman genetiknya dengan prosedur kerja yang terdiri atas(1) isolasi DNA genomik, (2) penghitungan konsentrasi dan kemurnian DNA genomik, serta (3) amplifikasi marka RAPD menggunakan teknik PCR dengan empatprimer acak, yaitu OPC-1, OPC-2, OPC-4, dan OPC-5. Analisis polimorfisme dilakukan secara deskriptif. 

Hasil penelitian menunjukkan bahwa keempatprimer yang digunakan menghasilkan pita polimorfikdengan polimorfisme 100%. Tingkat kemiripan genetik berkisar antara 0,48dan 0,82. Dendogram yang disusunmenunjukkan bahwa pada koefisien 63% isolat Ganoderma spp. mengelompok menjadi tiga klaster, yaitu klaster I dengantujuh isolat (Gano-1, Gano-2, Gano-3, Gano-4, Gano-7, Gano-8, dan Gano-10), klaster II denganduaisolat(Gano-5 dan Gano-9), serta klaster III dengan  satu isolat (Gano-6),yang dapat dilihatsebagai outgroup.  Hubungan kekerabatan paling dekat ditemukan antara Gano-7 dan Gano-10 dengan koefisien similaritas sebesar 82%, sedangkan hubungan kekerabatan paling jauh ditemukan antaraGano-4 dan Gano-9, antara Gano-5 dan Gano-6, sertaantara Gano-6 dan Gano-8 dengan koefisien similaritas 42%. Berdasarkan analisis bootstrap, diketahui bahwa kelompok-kelompok sampel Ganoderma spp. memiliki tingkat kepercayaan rendah (<50%). Klaster yang terbentuk menunjukkan bahwa isolat-isolat yang teridentifikasi tidak mengelompok berdasarkan wilayah geografisdan substrat tumbuh.

 

Ganodermaspp. are soil-borne fungi that can be both harmful and beneficial to humans. They are verywidely distributed,including in Banyumas Regency, Central Java. Previous study showed that 43 isolates werefound in the area, ranging from lowlands to moderatealtitudes.    

Morphological characterization should be completed with molecular studies formore accurate identification, classification and relationship.One of the molecular markers could be applied is Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD).This studyaims (1) to knowthe RAPD profile of some Ganoderma spp. isolates fromBanyumas Regency and (2) to analyzethe genetic relationship amongsome Ganoderma spp. isolates fromBanyumas Regency based on RAPD markers.

Survey method was employed with random sampling technique. Samples of Ganoderma spp. collectedwere identified bothmacromorphologicallyand micromorphologically after which thegenetic diversity was studied following these steps of procedures:(1) genomic DNA isolation, (2) DNA concentration and purity measurementand (3) amplification of RAPD markers using PCR techniquewith four random primers, i.e.  OPC-1, OPC-2, OPC-4and OPC-5. Analysis of polymorphism was carried outdescriptively. 

The results showed that the four primers usedproducepolymorphic bands with polymorphism level of 100%. The level of genetic similarity rangesbetween 0.48and 0.82. Dendogram constructed indicatesthat at the coefficient of 63% Ganoderma spp. isolates are grouped into three clusters, i.e.cluster I withseven isolates (Gano-1, Gano-2, Gano-3, Gano-4, Gano-7, Gano-8 and Gano-10), cluster II withtwo isolates (Gano-5 and Gano-9)and cluster III with oneisolate(Gano-6),which can be consideredas outgroup. The closest genetic relationship is observedbetween Gano-7 and Gano-10 with similarity coefficientof 82%, whereas the most distant ones are observed betweenGano-4 and Gano-9, between Gano-5 and Gano-6 as well as betweenGano-6 and Gano-8 with similarity coefficientof 42%. Bootstrap analysis showsthat the groups of Ganoderma spp. samples havea low degree of confidence (<50 %). The clustersformedreveals that the identifiedisolates arenot groupedbygeographical and growth substrate base.

Halaman ini »