Fakultas Biologi

Change Font Size

Change Screen

Change Layouts

Change Menu Styles

Cpanel

GINA AMALIA | B1J013004

Pendadaran
Kandidat Sarjana GINA AMALIA | B1J013004
Waktu Mulai 11 April 2017 - 9:00am
Waktu Selesai 11 April 2017 - 10:30am
Lokasi Ruang Seminar Timur / II
Penelaah I Drs. Adi Amurwanto, M.Sc.
Penelaah II Hana, SSi., M.Si.
Penelaah III
Penelaah IV
Penelaah V
Judul Skripsi

Karakterisasi Molekuler Ikan Gurami Batanghari (Osphronemus Goramy Lac.) Hasil Tangkapan Di Alam Dan Penangkaran

Sinopsis Skripsi

Ikan Gurami (Osphronemus goramy Lac.) merupakan ikan yang tersebar di kawasan tropis mulai dari India sampai Semenanjung Malaya dan Indonesia. Berbagai strain ikan Gurami telah banyak dibudidayakan di Indonesia. Salah satu strain ikan Gurami yang baru saja dilepas pada tanggal 30 Maret 2015olehKementerian Kelautan dan Perikanan adalahikan Gurami Batanghari. Ikan Gurami Batanghari hasil budidaya atau penangkaran di duga mengalami perubahan secara genetik jika dibandingkan dengan ikan Gurami Batanghari hasil tangkapan di alam karena adanyaupaya seleksi yang dapat menghilangkan materigenetik. Oleh karena itu, diperlukan karakterisasisecara molekuler untuk mengetahui ada tidaknya perbedaan genetik diantara keduanya.Salah satu penandamolekuler yang dapat digunakan untuk karakterisasi adalahgen sitokrom c oksidase I (COI). Gen COl memiliki laju mutasi yang cukup tinggi, sehingga dapat memperlihatkan perbedaan antar individu dalam satu spesiesyang sama.

Penelitian ini dilakukan menggunakan metode survey. Sampel yang digunakan adalahjaringan sirip ekor koleksi Laboratorium Taksonomi Hewan Fakultas Biologi Unsoed. Penelitian ini diawali dengan melakukan ekstraksi DNA dari sampel sirip ikan, amplifikasi fragmen gen COI mtDNA ikan, elektroforesis gel agarosa, dan DNA sekuensing. Sekuen yang diperolehdiedit menggunakan software Bio-Edit. Keragaman genetik diduga secarastatistik menggunakan analysis of molecular variance (AMOVA) dengan bantuan software Arlequin serta hubungan kekerabatan dianalisis dengan cara merekonstruksi pohon filogenetik menggunakan algoritma Neighbor-Joining dengan bantuan software MEGA 6.

Analysis of molekuler variance dengan model K2P menunjukkan bahwa kedua populasi ikan Gurami Batanghari tidak berbeda(indek fiksasi/Fst= 0,00; p= 0,99). Namun jika dilihat secara rinci pada setiap populasi, populasi alami(BA) memiliki keragaman haplotipe (h) yangtinggi yaitu 1,00 +/-  0,06 ; keragaman nukleotida (π) 6% ; polimorfisme 17,9%. Demikian halnyajuga dengan populasi hasil penagkaran. Populasi hasil penagkaran(BT)nilai keragaman haplotipe (h) 1,00 +/-  0,05 ; keragaman nukleotida (π) 4% ; polimorfisme 16,4%. Hasil AMOVA didukung oleh hasil analisis filogeni yang memperlihatkan bahwa anggota kedua populasi tersebar acak pada percabangan pohon. Bootstrap tertinggi pada analisis kekerabatan terdapat pada clade ke dua dengan nilai 100 yang terdiri dari BA 5 dan percabangan BA 6 dan BT 6. Berdasarkan marka molekuler yang digunakan dapat disimpulkan bahwa kedua populasi ikan gurami yang diteliti tidak memiliki perbedaan genetik meskipun kedua populasi memilikikeragaman haplotipe dan keragaman nukleotida yang tinggi.

 

Giant gouramy(Osphronemus goramy Lac.) aredistributed intropical regions ranging from India to the MalaysiaPeninsularand Indonesia. Various strains Gurami have been widely cultivated in Indonesia. A newlyreleased  strain was declared on 30th March, 2015 by the Ministry of Maritime Affairs and Fisheries, thatis Gouramy Batanghari. The cultivated Batanghari strain  is suggested to undergo  geneticalterationcompared to the natural straindue toselection which mighteliminate theirgenetic material. Therefore, a molecular characterization is needed to determine whether there is a genetic difference or not between them. The  cytochrome c oxidase I (COI)gene is among molecular chaaracter which can be used in such study. The COI genehas high  mutation rate, so it can show the differences amongindividuals within the same species.

This study was conducted using a survey method. The samples werecaudal fin clipsof Animal Taxonomy Laboratory collection.This study was stratedwith DNAextraction, and followed by mtDNA COI gene amplification, agarose gel electrophoresis, and DNA sequencing. Sequences were then edited using Bio-Edit software. Genetic diversity was estimatedthrough statistical analysis of molecular variance (AMOVA) with the help of Arlequin software and relationshipamong individuals wereanalyzed by reconstructing phylogenetic trees using the neighbor-joining algorithm with the help of MEGA software.

The K2P models analysis indicate that the two populations of giant gourami was genetically not (fixation index/Fst= 0.00; p= 0.99). However, a detil examination proved that natural population (BA)population has high haplotype diversity (h) with the value of1.00 +/- 0.06; nucleotide diversity (π) of 6%; polymorphism of 17.9%.Cultivated population (BT)has also high haplotype diversity (h= 1.00 +/- 0.05)value; high nucleotide diversity (π) 4%; polymorphism of 16.4%.Bootstrap highest kinship analysis contained in the second clade with a value of 100 which consists of branching BA 5 and 6 and BT 6. The conclusions from this research is that both population are not genetically different although has high haplotype and nucleotide diversity.

Halaman ini »